Cinvestav plantea análisis masivo de infecciones por SARS-CoV-2

Tras la reapertura en la ciudad china de Wuhan, donde se reportaron los primeros casos de covid-19, después de no reportar casos nuevos de la enfermedad, una nueva oleada de positivos prendió las alarmas de las autoridades sanitarias de aquel país, por lo que han sugerido la necesidad de realizar pruebas masivas a toda la población de esa ciudad.

El caso de Wuhan puede servir de lección para México, más aún después del anuncio de la vuelta a la “nueva normalidad” que pretende el país, en que se ha decidido levantar la cuarentena gradualmente, por lo que será necesario contar con opciones de pruebas masivas que posibiliten en desconfinamiento de las ciudades.

Una de esas opciones es propuesta por la Unidad de Genómica Avanzada-Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad (UGA-Langebio) del Cinvestav, al plantear una estrategia de detección masiva de infecciones por SARS-CoV-2, donde se podría analizar hasta 19 mil 200 muestras a la vez, en un periodo de tiempo de tres a cinco días.

“Esta técnica es más precisa que las pruebas moleculares basadas en PCR, pues se fundamenta en la secuenciación de regiones del genoma del virus, es decir, analiza la secuencia nucleotídica de fragmentos de su genoma para asegurar la detección efectiva de SARS-CoV-2, causante del covid-19”, explicó Alfredo Herrera Estrella, director de la UGA-Langebio.

La secuenciación masiva tiene importancia y utilidad en estos momentos de la pandemia, pero sobre todo cuando se piense iniciar la fase de regreso a la actividad normal, porque es fundamental identificar quiénes están infectados, con síntomas o asintomáticos. Así, con una segunda prueba los que ya superaron la infección podrían regresar a la vida cotidiana con seguridad, porque ya no podrían transmitirla.

Esta estrategia se realiza haciendo amplificaciones dirigidas de ADN, donde se obtiene fragmentos para introducirlos a los secuenciadores más modernos de UGA-Langebio y eso permite manejar de una sola vez hasta 19 mil 200 muestras, que representan casi 20 por ciento del total analizado en el país durante toda la pandemia causada por covid-19 en México.

Una ventaja de la secuenciación masiva, con la infraestructura de la UGA-Langebio, es que cada prueba tendría un costo 60 por ciento menor a las realizadas actualmente por los institutos de salud pública (estimada en mil quinientos pesos), es decir, representaría un monto de 600 pesos, incluyendo la toma de muestras.

La estrategia se puede poner en marcha de inmediato solo requiere de un insumo de nominado oligonucleótidos (cebadores) que se requiere comprar para realizar el proceso, una vez solicitado llega en siete días, al tenerlo se preparan las muestras e inicia la operación; los oligonucleótidos son secuencias sintéticas de ADN de 35 a 50 bases, complementarias a partes del genoma del virus, que permiten amplificar las regiones a secuenciar.

Las pruebas resultan más efectivas que las de PCR por generar datos cuantitativos y ofrecer la secuencia de ADN de los fragmentos amplificados y con ello se puede verificar con toda certeza el virus observado; además, se podrían detectar algunas de sus mutaciones en esas regiones, con lo cual se tiene mayor certidumbre.

La secuenciación masiva pretende analizar altos volúmenes de pruebas que identifiquen a personas con síntomas de la enfermedad y a individuos asintomáticos infectados, que podrían estar contagiando a otras personas sin saberlo dentro o fuera de la familia, aun con el distanciamiento social.

“Esto se ha documentado en otros países y es probablemente uno de los factores que provocan una propagación más intensa de la pandemia, por lo tanto, la secuenciación masiva también permitiría monitorear a la población en general, mediante un análisis estadístico y hacer proyecciones más certeras del comportamiento de la epidemia”, señaló Herrera Estrella.

La propuesta sería una prueba adicional para el desconfinamiento, porque es recomendable hacer análisis inmunológicos, ya que la secuenciación masiva detecta la presencia de virus, sin embargo, al superarlo ya no se detecta y eso solo se puede hacer a través de anticuerpos generados por la respuesta inmune de quien sufrió la infección.

La UGA-Langebio tiene experiencia en trabajar con esta tecnología y, en colaboración con otras instituciones, ha logrado descifrar el mapa genómico del maíz palomero, oso polar, chile y ajolote, entre otros; además realiza estudios de ancestría genética de poblaciones indígenas mexicanas o de Latinoamérica.

Por lo tanto, cuenta con los recursos humanos y técnicos en la realización de las 19 mil 200 pruebas en menos de una semana, sólo se requieren dos personas en el manejo del equipo de nueva generación altamente especializado para la secuenciación masiva, tal vez, el cuello de botella sería la preparación del ARN obtenido del virus requerido por la secuenciación.

Para contar con las muestras se plantea que personal entrenado las recoja en los domicilios de las personas, trasladarlas a un laboratorio de bioseguridad nivel dos, donde se extraería el ARN del virus, y finalmente entregarlo a los investigadores del Cinvestav que realizarían su procesamiento con el objetivo de hacer el análisis masivo.

En la UGA-Langebio se tiene el equipo y personal, sólo espera contar con autorización oficial y recursos para adquirir los oligonucleótidos porque hacer 960 pruebas a la vez implica una inversión de un millón 200 mil pesos; para 5 mil 400, son necesarios 6 millones 800 mil; y alcanzar 19 mil 200 pacientes, se requieren 24 millones de pesos, estos recursos se van recuperando conforme se realizan las pruebas.

Instrumentar la propuesta requiere un equipo científico integrado por 15 investigadores de UGA-Langebio entre biólogos moleculares, genetistas, bioinformáticos y especialistas en evolución, porque también se analizarían aspectos evolutivos del virus y en otra etapa se buscaría secuenciar genomas completos del virus con el objetivo de saber de dónde vino, qué tanto ha cambiado, cuáles son los blancos más interesante en el diseño de fármacos o cuáles son las regiones más útiles para proponer vacunas.

“Emprender esta estrategia requiere de voluntad política, aval y un poco financiamiento, para la escala del problema que enfrentamos la inversión requerida es muy pequeña en comparación con las pérdidas económicas generadas en el confinamiento, por ejemplo, en Guanajuato se calcula que la industria automotriz deja de exportar 56 millones de dólares al día”, consideró Alfredo Herrera Estrella.

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